Após a Saga da Ninhada, a equipe criativa dos X-Men se estabeleceu com Claremont nos roteiros e o novato Paul Smith nos desenhos. Smith veio do mundo da animação e tinha em seu currículo trabalhos na adaptação em desenho animado de O Senhor dos Anéis. Sua rápida passagem pelo universo dos mutantes foi marcante devido às alterações - comportamentais, mas sem tragédias.

Em primeiro lugar, os X-Men passam a conviver com os Novos Mutantes. Fora isso, a mente de Xavier foi transportada para um clone mais jovem, quando seu corpo original foi infectado pela Ninhada. Com isso, o professor restabeleceu o uso de suas pernas. Por fim, os mutantes tiveram que lidar com uma série de mudanças em suas vidas pessoais. As relações dos membros da equipe se tornam mais importantes nessa fase que em qualquer outra dos mutantes, talvez como constraste para o ar épico da saga anterior.

O período também é marcado pela primeira minissérie do Wolverine - escrita por Claremont e desenhada por Frank Miller - que já era o membro mais popular da equipe. Até esse ponto, tudo que se sabia é que Wolverine chamava-se Logan e era canadense, fora alguns poucos - e contraditórios - detalhes. A minissérie, publicada em 1982, mostrava o conflito de Logan contra Shingen Harada, pai de Mariko Yashida e chefe da máfia japonesa. A obra reforçou os aspectos da cultura japonesa na mitologia do persongem e tornou mais sério seu relacionamento com Mariko.

O período também é marcado pela primeira minissérie do Wolverine - escrita por Claremont e desenhada por Frank Miller - que já era o membro mais popular da equipe. Até esse ponto, tudo que se sabia é que Wolverine chamava-se Logan e era canadense, fora alguns poucos - e contraditórios - detalhes. A minissérie, publicada em 1982, mostrava o conflito de Logan contra Shingen Harada, pai de Mariko Yashida e chefe da máfia japonesa. A obra reforçou os aspectos da cultura japonesa na mitologia do persongem e tornou mais sério seu relacionamento com Mariko. 

Enquanto isso, na revista X-Men 169, o grupo entrou em contato pela primeira vez com os Morlocks, uma comunidade de mutantes deformados que vivem nos túneis subterrâneos de Manhattan. Além disso, a mutante Vampira busca a ajuda de Xavier para controlar seus poderes e se torna membro da equipe na edição 171. Na edição seguinte, Logan e Mariko decidem se casar e convidam os X-men para o Japão, onde o grupo cai vítima das manipulações do Mestre Mental, que faz o grupo acreditar que Madelyne Pryor - a nova namorada do Ciclope - era a Fênix reencarnada. Isso ocorreu porque a fisionomia da jovem era quase idêntica à de Jean Grey. O Mestre Mental foi derrotado, mas não antes de pôr um fim ao romance de Mariko e Logan, ao manipular a mente da noiva para cancelar seu casamento. Por outro lado, o romance de Madelyne com Ciclope se intensifica e eles se casam, levando ao afastamento de Scott do grupo. A partir desse ponto, Smith foi substituído por John Romita Jr, ainda em começo de carreira. Romita permaneceu três anos com os X-Men, de 1983 a 1986 e, algumas vezes, foi substituído por Barry Windsor-Smith. Essa fase de Romita já apresenta um pouco mais de ação pois os mutantes tiveram uma série de conflitos contra a Irmandade de Mutantes, os Morlocks, os Espectros, o mago Kulan Gath e a devoradora de almas Selene.

Outro grande inimigo do grupo era o sentinela futurista Nimrod, mais poderoso do que qualquer versão anterior dos Sentinelas. Foi nesse período que o relacionamento de Colossus e Kitty Pryde acabou, após a minissérie Guerras Secretas. Dois personagens também foram apresentados nas HQs: Rachel, filha de Jean e Scott de um futuro alternativo, e Forge, um mutante capaz de inventar qualquer coisa para o governo americano como designer de armamentos.

Muitos leitores não gostaram desse excesso de melodrama nas histórias. Talvez, por isso, a fase desenhada por John Romita Jr. termina logo no início de uma das sagas mais brutais da história dos X-Men: o Massacre de Mutantes.

Até então, nunca os X-Men tiveram histórias tão barra-pesada. Por um tempo, Massacre de Mutantes deixou seqüelas gravíssimas aos personagens, como o coma de Colussus e a amputação das asas do Anjo. Foi realmente uma época violenta, com combates ferozes contra o grupo governamental Força Federal (composto por ex-membros da Irmandade de Mutanes), o Clube do Inferno e Ninrod, o robô sentinela do futuro.

Outra novidade de Massacre foi reunir em uma única aventura os principais personagens mutantes do Universo Marvel e desdobrar a trama em várias revistas. No caso, foram quatro meses de histórias em X-men da 210 a 213, X-Factor 9 a 11, Thor 373 e 374 e New Mutants 46. Esse modelo de saga com histórias interligadas tornou-se bastante comum até os dias de hoje.

Um grupo de mercenários mutantes é formado com a missão de eliminar todas a população de Morlocks. O resultado é brutal e praticamente são mortos ou gravemente feridos por esse grupo que ficou conhecido como Os Carrascos. Um do poucos sobrevivete foi o mutante transmutador Masque, um dos fundadores dos Morlocks.

O mandante do Massacre dos Morlocks atendia pelo nome de Sr. Sinistro, um cientista que utilizou suas pesquisas sobre a evolução do gene X para adquirir diversas habilidades especiais. O plano do cientista foi arquitetado para eliminar os mutantes considerados fracos e assim antecipar a evolução da espécie por meio dos mutantes "mais perfeitos".

Para tentar evitar a tragédia, X-Men, X-Factor, Novos mutantes e até o Poderoso Thor concentraram seus esforços no resgate dos sobreviventes e no combate aos Carrascos. Mas, antes mesmo dos heróis entrarem em ação, grande parte da população Morlock já havia sucumbido nas mãos dos vilões que compunham os Carrascos: Arco Voltaico, Arpão, Arrasa Quarteirão, Caçador de Escalpo, Embaralhador, Maré Selvagem, Prisma e Vertigo. O líder do grupo era Dentes de sabre, um personagem já conhecido dos leitores.

Poucos heróis participantes do Massacre de Mutantes saíram ilesos. Devido aos ferimentos sofridos por seus membros, quase toda a equipe dos X-men acabou reformulada, com a saída de Noturno, Fênix II e Lince Negra, a ausência temporária de Colossus e a entrada de Psylocke, Cristal e Lngshot.

Vários artistas participaram da realização do Massacre: Chris Claremont, Louise Simonson e Walt Simonson nos textos e John Romita Jr. Terry Shoemaker, Jackson Guice, Walt Simonson, Sal Buscema, John Bogdanove, Rick Leonardi e Alan Davis na arte.